
L'univers est rempli de choses naturelles qui sont distinctes entre elles: il y a des êtres humains, des arbres, des étoiles, des oiseaux, des poissons, des fleurs, etc. Toutes ces choses sont d'une certaine façon irréductible, c'est-à-dire que l'on ne peut pas les diviser en d'autres unités de base.
Certains philosophes de l'antiquité et scientifiques aujourd'hui tentent d'expliquer les choses comme étant une organisation d'éléments biologiques, ou une combinaison d'atomes. Mais ce qui existe réellement, c'est cette fleur, cet oiseau, c'est vous et moi. Nous sommes plus qu'un ensemble d'atomes. De plus, les atomes sont eux-mêmes distincts (hydrogène, Fer, Sodium...) et divisibles en unités plus petites (protons, neutrons et électrons, eux mêmes divisibles en unités plus petites).
Tout ce qui est observable dans le Monde possède des parties matérielles, mais est aussi une forme unie : les parties matérielles sont organisées et rendues intelligibles par la substance. L'être humain par exemple possède differentes parties matérielles, comme le cœur, les poumons ou le cerveau. Ces organes fonctionnent tous comme des parties dynamiques d'un seul être vivant uni.
La substance de l'être humain donne un ordre à toutes ses parties, et chaque partie fonctionne non pas pour elle-même, mais pour faire fonctionner le tout. L'être humain respire de l'oxygène, il est capable d'entendre et de voir, mais ces choses sont ordonnées des activités humaines plus importante, comme par exemple le raisonnement, les loisirs ou la vie de famille.
Les organes participent tous à la substance, qui exerce une influence de haut en bas, en tant que principe organisateur. Ainsi la réalité n'est pas simplement construite par le bas, mais aussi influencée par le haut. Les différentes parties des choses ont chacune leur place dans le tout. De la même façon, les organes sont eux aussi constitués de diverses cellules organisées par la nature et la fonction des organes. On peut donc étudier et prédire leur comportement, car ce sont des cellules d'un type particulier d'organe, avec des propriétés qui leur sont propres. C'est le rôle de la médecine, et de la science en général.
Une fois que l'on a établi la notion de substance, on peut commencer à expliquer comment les choses diffèrent les unes des autres. La substance d'un oiseau est différente de la substance d'un être humain ou d'un arbre. Le cœur humain est différent de la tige d'une plante. Les parties des choses sont arrangées différemment parce qu'elles font partie de choses différentes, à des fins différentes. C'est la substance de la chose qui donne forme et définition à la partie matérielle.
Mais il existe quelque chose de commun entre toutes les choses dans l'Univers, aussi différentes soient-elles, plantes, animaux, astres ou humains : ils sont tous unis par le fait qu'ils existent. Rien de ce que l'on observe autour de nous ne possède par lui-même sa propre existence, aussi le fait d'être quelque chose n'explique pas suffisamment pourquoi elle l'est. Toutes les choses (animaux, étoiles, plantes, etc.) ont une histoire dans leur être : ils naissent, changent, et disparaissent. Ils sont causes d'autres choses dans le Monde, et atteignent leur finalité a travers l'action d'autres êtres et processus. Tout ce que l'on observe peut exister ou ne pas exister, et plus important encore, il peut recevoir son être par d'autres: il y a une cause à son existence. Mais cela peut-il être le cas pour absolument tout ? Ne peut-il y avoir que des êtres causés, ou est il nécessaire qu'il y ait quelque chose avant ces êtres causés ? Il doit y avoir quelque chose qui donne son existence à chaque chose, et cela ne peut être que Dieu. Contrairement à tout ce que l'on peut observer dans l'Univers, Dieu existe par nature. Il ne reçoit Son existence de rien. L'existence est propre à l'essence même de Dieu, Il existe essentiellement. Pour tout le reste cependant, il y a une distinction réelle entre l'essence et l'existence, car leur existence leur est donnée par le Créateur.
La substance répond à ce qu'est une chose, tandis que l'existence répond au fait qu'elle est, qu'elle existe. Cela nous montre que le mystère de la substance est distinct du mystère de l'existence. Ce sont des sujets liés, mais distincts. Être une créature signifie recevoir l'être, participer à l'existence de Dieu, qui maintient toutes choses en existence à chaque instant.